A Moju possui uma ETE (Estação de Tratamento de Efluentes) onde é coletado e tratado diariamente todo resíduo químico do processo produtivo.

No processo de tratamento os resíduos líquidos são tratados e filtrados para reúso, os resíduos sólidos são armazenados em Galões e coletados por empresas especializadas.

Todo o processo esta certificado pela CETESB agência do Governo do Estado responsável pelo controle, fiscalização, monitoramento e licenciamento de atividades geradoras de poluição